Інститут був створений в 1930 р з ініціативи ак. В.Н. Шамова як Український інститут переливання крові і гематології, В.Н.Шамов був його першим директором (1930-1934 рр.).
У 1932 р інститут перейменований в Український інститут переливання крові та невідкладної хірургії. У 1936 р інститут очолив проф. А.Л.Слободской, під керівництвом якого в період Великої Вітчизняної війни інститут (1941-1943) виконував функцію головної станції переливання крові по забезпеченню кров'ю медустанов фронтів.
У 1965 р інститут був реорганізований в Харківський НДІ загальної та невідкладної хірургії, його директором став академік А.А. Шалімов. З ім'ям ак. А.А. Шалімова пов'язане становлення сучасної хірургії і її анестезіологічного забезпечення не тільки в Харкові, але і в Україні.
З 1974 по 1999 р інститут очолював проф. В.Т. Зайцев. Під керівництвом В.Т.Зайцева була створена школа хірургів-неотложніков, в тому числі школа хірургічної гастроентерології.
У 2000 р інститут був переданий в підпорядкування Академії медичних наук України.
Сайт партнера http://ionh.com.ua